Да, в исходной БД v2 никаких изменений не происходит, её можно без опасений конвертировать в новую v3. C полученной новой БД v3 можно экспериментировать, но в качестве рабочей её пока использовать не рекомендуется, т.к. возможны изменения форматов и т.п.. что может привести к несовместимости БД v3 betta 1 со следующими обновлениями в v3.

Программы LibaBook v2 и v3 могут быть установлены на один компьютер (в разные папки) и работать независимо.

В целом согласен) но пока на это особо времени нет, да и в будущем у пользователя по идее будет установлена только одна версия 3.

Рекомендую для v3 просто изменить стиль оформления, сделав его другого цвета по сравнению с v2, это точно не даст перепутать версию которая сейчас запущена.

[Настройки] -> [Настройки шрифтов и стиля] -> [Стиль]